Não há melhor protocolo de roteamento, cada um tem a suas vantagens e uso específicos.

Existe a divisão entre dois tipos de protocolos :

IGP (Interior Gateway Protocol) e EGP (External Gateway Protocol).

Os protocolos IGP servem para rotear dentro de um Sistema Autonomo (Autonomous Systems) enquanto que o EGP serve para roteador entre Sistemas Autonomos.

Os protocolos IGPs mais conhecidos são o RIP (e suas versões como o RIPv2 ou RIPng), OSPF (e suas versões como OSPFv2, OSPFv3, OSPF-TE, etc) e o IS-IS (Intermediate System to Intermediate Systems).
Destes, o protocolo RIP é o mais limitado porém o mais fácil de ser implementado. Serve somente para redes pequenas (de até 15 roteadores ou nós/hops).

O protocolo OSPF é o mais conhecido e mais utilizado. Não tem as limitações do RIP e é o mais utilizado atualmente.

Já o protocolo IS-IS é o mais escalável e possui uma arquitetura mais inteligente que o OSPF. A Cisco, o maior fabricante de equipamentos de rede do mundo, diz exatamente isso, que o IS-IS é mais escalável e mais eficiente que o OSPF. Todos os grandes provedores do mundo estão migrando para o IS-IS devido a sua escalabilidade e além disso, ele já foi concebido pensando no IPv6 (ou IPng que é a nova geração de endereçamentos IP).

Quanto ao EIGRP (e suas variações() e o BGP (Border Gateway Protocol) são ambos protocolos EGP (External Gateway Protocol). O mais utilizado atualmente é o BGPv4 (BGP versão 4) e é graças ao BGP que a Internet funciona (e muito bem !!!). O EIGRP é o protocolo EGP da Cisco que já foi popular antes da chegada do BGP.
Há tempos já existe o MP-BGP (Multi Protocol BGP) que suporta também o IPv6.